カスタムモードは、各コントロールセクションを操作するための独自のMIDIテンプレートを作成できる機能です。テンプレートはNovation Componentsで作成し、FLkeyに送信できます。Componentsを使用するには、WebMIDI対応のブラウザ（Google Chrome、OperaまたはFirefoxを推奨）でcomponents.novationmusic.comにアクセスします。もしくはNovationのアカウントページから、Componentsのスタンドアローン版をダウンロードしてください。
Novation Componentsで設定を行うと、FLkeyのノブおよびパッドからカスタムメッセージを送信できます。これらのカスタムメッセージ設定は、カスタムモードと呼ばれます。カスタムモードは、Shiftボタンを押しながらCustomパッドを押すことで有効にできます。
FLkeyでは、1つのカスタムノブモードを利用できます。カスタムノブモードにアクセスするには、Shiftボタンを押したままノブモードのCustomパッドを押します。Componentsを使用して、任意のCC番号をノブに設定することができます。
何も設定しない場合、カスタムノブモードではデフォルト設定のメッセージが送信されます。FL Studioの「Multilink to Controllers」機能を用いて、FLkeyのノブをFL Studioのパラメータに割り当てることも可能です。